Каждое дополнительное решение установленное в ваш проект, может добавлять в него частичку своей кофигурации. Это происходит автоматически, но есть возможность отключения такого поведения.

SkeekS CMS — является одним из дополнительных решений вашего проекта, и поэтому она, как и другие решения, добавляет свой конфиг по умолчанию.

Вы можете ознакомится с его актуальной версией тут https://github.com/skeeks-cms/cms/blob/master/config/main.php.

Как видно из настроек, подключаются и настриваются различные модули, и компоненты в ваш проект.


Например: 

По умолчанию в SkeekS CMS компонент assetManager настроен следующим образом:

[
//section components

    'assetManager' =>
    [
        'appendTimestamp'   => true,
        'linkAssets'        => true,

        'bundles' =>
        [
            'yii\web\JqueryAsset' =>
            [
                'js' => [
                    'jquery.min.js',
                ]
            ],

            'yii\bootstrap\BootstrapPluginAsset' =>
            [
                'js' => [
                    'js/bootstrap.min.js',
                ]
            ],

            'yii\bootstrap\BootstrapAsset' =>
            [
                'css' => [
                    'css/bootstrap.min.css',
                ]
            ]
        ],
    ],
]

Если вас не устраивает такое поведение, переопределите настройки данного компонента в common/config/main.php вашего проекта.