На базе одного проекта есть возможность запуска многих приложений, для этого необходимо соблюдать следующую структуру папок.

В простейшем случае, у вас будет два приложения console и frontend

common              содержит общие файлы всех приложений
    config/              содержит общие конфигурационные файлы приложений
    mail/                содержит файлы представлений для электронной почты
    models/              содержит классы моделей, используемые во всех приложениях
    runtime/             временно генерируемые файлы используемые всеми приложениями
    widgets/             классы виджетов приложений
console             консольное приложение, скрипты для крона и прочее
    config/              содержит конфигурационные файлы
    controllers/         содержит консольные контроллеры (commands)
    migrations/          содержит миграции
    models/              содержит классы моделей
    runtime/             временно генерируемые файлы
frontend            приложение 1
    assets/              описание и храенение Asset блоков Yii2
    config/              содержит конфигурационные файлы
    controllers/         contains Web controller classes
    models/              содержит классы моделей
    runtime/             временно генерируемые файлы
    templates/           содержит набор шаблонов
        default/         Файлы представлений шаблона по умолчанию
    web/                 публичная директория (файлы js, css, img...)
        assets/          временные js, css, файлы
    widgets/             классы виджетов приложения
frontend2           приложение 2
//    ... полностью повторяет структуру предыдущего приложения...
vendor/                  используемые дополнительные библиотеки в проекте
tests                    contains various tests for the advanced application
    codeception/         contains tests developed with Codeception PHP Testing Framework